Auriga Nusantara dipimpin oleh seorang ketua yayasan yang dibantu oleh dua deputi, masing-masing deputi program yang membawahkan urusan programatik dan hubungan eksternal; dan deputi kelembagaan yang membawahkan urusan internal kelembagaan dan supporting system Auriga Nusantara.

Deputi kelembagaan membawahkan berbagai biro yang masing-masing dipimpin oleh seorang kepala biro, yakni (i) kepala biro keuangan, (ii) kepala biro administrasi, (iii) kepala biro teknologi informasi, (iv) kepala biro sumber daya manusia, (v) kepala biro hukum, dan (vi) kepala biro kerumahtanggaan.

Deputi program dibantu oleh berbagai direktorat yang masing-masing dipimpin direktur, terdiri atas (1) direktur kehutanan, (2) direktur perkebunan, (3) direktur tambang & energi, (4) direktur penegakan hukum, (5) direktur komunikasi & advokasi, dan (6) direktur informasi & data.

Berikut adalah nama-nama ketua, deputi, dan direktur di Auriga Nusantara:

• Ketua: Timer Manurung
• Deputi Program: Hendrik Siregar
• Deputi Kelembagaan: Triana Ramdani
• Direktur Kehutanan: Supintri Yohar
• Direktur Perkebunan: Chandra Natadipurba
• Direktur Tambang & Energi: Ibrahim Fahmi
• Direktur Penegakan Hukum: Roni Saputra
• Direktur Komunikasi & Advokasi: Nala Dipa Alamsyah
• Direktur Informasi dan Data: Dedy Sukmara